Samherji hefur það að markmiði að starfa í sem bestri sátt við umhverfi sitt, stuðla að sjálfbærri nýtingu fiskistofna og góðri umgengni um auðlindir hafsins. Stefna Samherja er að hámarka nýtingu á hráefnum og orku. Markvisst er stefnt að því að auka notkun umhverfisvænnar orku, stuðla að umhverfisvænum rekstri á öllum stigum framleiðslunnar og að framleiða heilnæmar gæðaafurðir. Sjá gæða- og umhverfisstefnu hér.
Stefna Samherja er að vera leiðandi þegar kemur að framleiðslu á hágæða fiskafurðum fyrir kröfuhörðustu viðskiptavinina. Til að ná því markmiði leggur Samherji áherslu á að þróa tækni og tæki í samvinnu við íslensk tækni- og iðnfyrirtæki.