Heilbrigðisráðuneytið tók formlega til starfa 1. janúar 2019 í samræmi við forsetaúrskurð nr. 118/2018 um skiptingu Stjórnarráðs Íslands í ráðuneyti. Ráðuneytið varð til þegar velferðarráðuneytinu var skipt í heilbrigðisráðuneyti og félagsmálaráðuneyti.
Verkefni heilbrigðisráðuneytisins varða sjúkratryggingar almannatrygginga, heilbrigðisþjónustu, lýðheilsu og forvarnir, lífvísindi og lífsiðfræði, líkt og nánar er tilgreint í forsetaúrskurði um skiptingu stjórnarmálefna milli ráðuneyta í Stjórnarráði Íslands (31.1.2022). Heilbrigðisráðherra fer með yfirstjórn ráðuneytisins og ber ábyrgð á öllum stjórnarframkvæmdum þess.
Ráðuneytisstjóri stýrir ráðuneytinu undir yfirstjórn ráðherra.
Skrifstofur heilbrigðisráðuneytisins samkvæmt skipuriti þess eru fjórar, auk skrifstofu ráðuneytisstjóra; skrifstofa heilsueflingar og vísinda, skrifstofa sjúkrahúsa og sérþjónustu, skrifstofa innviða heilbrigðisþjónustu og skrifstofa fjárlaga og innri þjónustu. Skrifstofa innviða heilbrigðisþjónustu og skrifstofa fjárlaga og innri þjónustu veita stoðþjónustu til fagskrifstofa ráðuneytis.