Meginhlutverk fjármála- og efnahagsráðuneytis felst í yfirstjórn opinberra fjármála og efnahagsmála. Ráðuneytið fer með málefni fjármálamarkaðarins, ber ábyrgð á bættum stjórnunarháttum og áætlanagerð, hefur með höndum virka stjórn mannauðsmála ríkisins og er leiðandi í umbótum og nýsköpun í rekstri ríkisins.
Ráðherra, fer með yfirstjórn ráðuneytisins og ber ábyrgð á öllum stjórnarframkvæmdum þess.
Ráðuneytisstjóri stýrir ráðuneytinu undir yfirstjórn ráðherra.
Ráðuneytið starfar sem ein heild og skiptist í eftirfarandi; skrifstofa efnahagsmála, skrifstofa fjármálamarkaðar, skrifstofa opinberra fjármála, skrifstofa skattamála, skrifstofa stjórnunar og umbóta, skrifstofa yfirstjórnar og skrifstofu rekstrar og innri þjónustu. Að auki starfar kjara- og mannauðssýsla ríkisins sem hluti af ráðuneytinu og telst hún vera ráðuneytisstofnun í skilningi 17. gr. stjórnarráðslaga.
Þá starfar í ráðuneytinu sérstök eining, Stafrænt Ísland, sem vinnur að því að aðstoða opinberar stofnanir við að bæta stafræna þjónustu við almenning með því að gera þjónustuna skýrari, einfaldari og hraðvirkari.
Ráðuneytisstjóri annast samræmingu á starfsemi skrifstofa og sviða og felur einum starfsmanna hverrar skrifstofu og sviðs staðgöngu fyrir skrifstofustjóra í fjarveru þeirra. Að auki geta verið starfræktir til lengri og skemmri tíma sérstakir verkefnahópar eða -teymi til að vinna að málefnum og verkefnum sem varða verksvið fleiri en einnar skipulagseiningar ráðuneytisins, skv. nánari ákvörðun hverju sinni.